Conocer el peso molecular de una secuencia de ADN o ARN es el primer paso para convertir entre masa, moles y número de copias de moléculas — números que aparecen constantemente al preparar ligaciones, estándares de qPCR o transfecciones. Esta calculadora da una estimación rápida e independiente de la secuencia a partir solo de la longitud y el tipo de cadena de tu secuencia, y luego encadena esa estimación en conversiones de masa a moles y número de copias.
Por qué la estimación no necesita la secuencia real
El peso molecular exacto de una molécula de ADN o ARN depende precisamente de cuántas de cada base (A, T/U, G, C) contiene, ya que cada nucleótido tiene una masa ligeramente diferente. Para la mayoría de los propósitos prácticos — clonación, PCR, dosificación de transfecciones — ese nivel de precisión no es necesario. En su lugar, esta calculadora usa la masa promedio por base (o par de bases, en el caso del ADN de doble cadena) establecida por las referencias estándar de biología molecular, que es precisa dentro de una fracción de un por ciento para secuencias típicas. El pequeño ajuste fijo de grupo terminal (36.04 para dsDNA, 79 para ssDNA, 159 para ARN) considera los grupos fosfato e hidroxilo terminales en los extremos de la molécula.
Por qué dsDNA, ssDNA y ARN dan resultados diferentes para la misma longitud
Una molécula de ADN de doble cadena de 1,000 pares de bases contiene 2,000 nucleótidos individuales — dos cadenas complementarias — así que su masa por unidad (617.96 g/mol por bp) refleja ambas cadenas combinadas. Una molécula de ADN de cadena simple o ARN de la misma longitud numérica tiene solo la mitad de nucleótidos totales, así que su masa se calcula por nucleótido individual en su lugar (303.7 g/mol/nt para ssDNA, 320.5 g/mol/nt para ARN). El ARN es ligeramente más pesado por nucleótido que el ssDNA porque su azúcar ribosa lleva un átomo de oxígeno adicional comparado con la desoxirribosa del ADN. Siempre confirma qué tipo es realmente tu secuencia antes de comparar pesos moleculares entre experimentos.
Del peso molecular al número de copias
Una vez que conoces el peso molecular, convertir una masa medida (de un espectrofotómetro, Qubit, o cuantificación por gel) en una cantidad molar es una sola división: moles = masa ÷ MW. A partir de ahí, multiplicar por el número de Avogadro (6.022 × 10²³ moléculas por mol) da el número de copias — el conteo real de moléculas de ADN o ARN en tu muestra. Esta cadena de conversiones es exactamente lo que se necesita para preparar una serie de diluciones para una curva estándar de cuantificación absoluta por qPCR, o para calcular proporciones molares para una reacción de ligación.