O peso molecular da proteína é um dos números mais frequentemente necessários em um fluxo de trabalho de biologia molecular ou bioquímica — para interpretação de gel SDS-PAGE, para conversão entre massa e concentração molar e para comparação de uma amostra purificada com seu tamanho esperado. Esta calculadora fornece uma estimativa rápida apenas da contagem de resíduos e um resultado exato de uma sequência de aminoácidos colada.

Como funciona a calculadora de peso molecular de proteínas

Quando você cola uma sequência completa, a calculadora procura a massa média padrão de resíduo de cada aminoácido (os valores ExPASy/ProtParam amplamente usados) e os soma, depois subtrai uma molécula de água (18,015 Da) para cada ligação peptídica formada — uma cadeia de n resíduos tem (n − 1) ligações, já que a formação de cada ligação durante a síntese de proteínas libera uma molécula de água por meio de condensação. Quando você tem apenas uma contagem de resíduos, a calculadora usa o atalho bem conhecido de ~110 Da por resíduo, que é simplesmente a média prática das massas de resíduos individuais dos 20 aminoácidos.

Entradas e o que elas significam

A contagem de resíduos é apenas o número de aminoácidos na cadeia — use-a quando souber o comprimento aproximado da proteína, mas não sua sequência exata. O campo de sequência aceita uma sequência de código de aminoácidos de uma única letra (por exemplo, MKTAYIAK...); espaços em branco e quebras de linha são removidos automaticamente e qualquer caractere fora dos 20 códigos padrão é rejeitado com uma mensagem apontando para sua posição. Sua sequência é processada inteiramente em seu navegador – ela nunca é gravada no URL da página ou no armazenamento local, ao contrário da contagem de resíduos e das entradas em massa, que são seguras para serem compartilhadas em um link. Massa (µg) é opcional e alimenta apenas a guia de conversão Massa ↔ Moles.

Limites e casos extremos

A estimativa da contagem de resíduos é inerentemente aproximada - uma proteína excepcionalmente rica em resíduos pesados (triptofano, 186 Da) ou resíduos leves (glicina, 57 Da) se desviará mais da média de ~110 Da/resíduo do que uma proteína com composição típica de aminoácidos. O cálculo da sequência exata não leva em conta modificações pós-tradução (glicosilação, fosforilação, ligações dissulfeto, clivagem do peptídeo sinal e similares), todas as quais alteram a massa real medida de uma proteína real. Códigos ambíguos ou não padronizados (X, B, Z, U e resíduos modificados em letras minúsculas) não são reconhecidos – apenas os 20 códigos padrão de aminoácidos de uma letra são suportados.