Berat molekul protein adalah salah satu angka yang paling sering dibutuhkan dalam alur kerja biologi molekuler atau biokimia — untuk interpretasi gel SDS-PAGE, untuk mengkonversi antara massa dan konsentrasi molar, dan untuk membandingkan sampel yang dimurnikan dengan ukuran yang diharapkan. Kalkulator ini memberi Anda perkiraan cepat dari jumlah residu saja dan hasil pasti dari rangkaian asam amino yang ditempelkan.

Cara kerja Kalkulator Berat Molekul Protein

Saat Anda menempelkan rangkaian lengkap, kalkulator mencari massa residu rata-rata standar setiap asam amino (nilai ExPASy/ProtParam yang banyak digunakan) dan menjumlahkannya, lalu mengurangi satu molekul air (18,015 Da) untuk setiap ikatan peptida yang terbentuk — rantai n residu memiliki ikatan (n − 1), karena pembentukan setiap ikatan selama sintesis protein melepaskan molekul air melalui kondensasi. Jika Anda hanya menghitung residu, kalkulator akan menggunakan pintasan terkenal yaitu ~110 Da per residu, yang merupakan rata-rata praktis dari massa residu individu 20 asam amino.

Masukan dan artinya

Jumlah residu hanyalah jumlah asam amino dalam rantai — gunakan ini jika Anda mengetahui perkiraan panjang protein tetapi bukan urutan pastinya. Bidang urutan menerima string kode asam amino satu huruf (misalnya MKTAYIAK...); spasi dan jeda baris dihapus secara otomatis, dan karakter apa pun di luar 20 kode standar ditolak dengan pesan yang menunjuk pada posisinya. Urutan Anda diproses seluruhnya di browser Anda — tidak pernah ditulis ke URL halaman atau ke penyimpanan lokal, tidak seperti jumlah residu dan masukan massal, yang aman untuk dibagikan dalam tautan. Massa (µg) bersifat opsional dan hanya memasukkan tab konversi Massa ↔ Mol.

Batasan dan kasus tepi

Perkiraan jumlah residu pada dasarnya merupakan perkiraan — protein yang sangat kaya akan residu berat (triptofan, 186 Da) atau residu ringan (glisin, 57 Da) akan lebih menyimpang dari rata-rata ~110 Da/residu dibandingkan protein dengan komposisi asam amino pada umumnya. Perhitungan urutan yang tepat tidak memperhitungkan modifikasi pasca-translasi (glikosilasi, fosforilasi, ikatan disulfida, pembelahan sinyal-peptida, dan sejenisnya), yang semuanya mengubah massa terukur sebenarnya dari protein sebenarnya. Kode ambigu atau non-standar (X, B, Z, U, dan residu modifikasi huruf kecil) tidak dikenali — hanya 20 kode asam amino satu huruf standar yang didukung.