Hitung jumlah molekul DNA (jumlah salinan) dari massa dan panjang sebuah fragmen, kemudian ubah menjadi salinan per mikroliter dan buat rangkaian pengenceran standar qPCR.
Fragmen
Masukkan massa, panjang, dan keterdamparan fragmen DNA Anda untuk menghitung jumlah salinan molekulnya.
Keterdamparan menetapkan massa rata-rata per basa (-pasangan) yang digunakan dalam rumus.
Pasangan basa (dsDNA) atau basa (ssDNA).
Massa total DNA dalam nanogram, mis. dari spektrofotometer atau pembacaan Qubit.
Hasil
—
Masukkan massa dan panjang di atas untuk menghitung jumlah salinan.
Volume sampel
Menggunakan massa, panjang, dan jenis yang sama dengan tab Nomor Salin, dibagi berdasarkan volume pelarutan sampel Anda.
Volume total massa fragmen (dari tab Nomor Salinan) dilarutkan.
Hasil
—
Masukkan volume di atas untuk menghitung salinan per µL.
Seri pengenceran
Membuat rangkaian pengenceran serial untuk kurva standar qPCR, dimulai dari konsentrasi salinan/µL yang rapi pada tab Salinan per µL.
Pengenceran lipat diterapkan pada setiap langkah (10 adalah standar untuk kurva standar qPCR).
Jumlah titik kurva standar, termasuk stok yang rapi (murni).
Hasil
—
Masukkan volume pada tab Salinan per µL untuk membuat rangkaian pengenceran.
Kuantifikasi absolut dengan qPCR bergantung pada perbandingan sampel yang tidak diketahui dengan kurva standar jumlah molekul yang diketahui, bukan hanya massa yang diketahui.
📋
Panduan langkah demi langkah
Cara menggunakan kalkulator ini
4 langkah▸
1
Pilih jenis, panjang, dan massa
Pada tab Nomor Salin, pilih dsDNA atau ssDNA, masukkan panjang fragmen dalam pasangan basa (atau basa untuk ssDNA), dan masukkan massa dalam nanogram — misalnya, dari pembacaan Qubit atau spektrofotometer.
2
Baca nomor salinannya
Kartu hasil diperbarui secara instan, menunjukkan jumlah total molekul DNA dalam notasi ilmiah, dihitung dari massa dan massa rata-rata per pasangan basa.
3
Konversikan menjadi salinan per µL
Beralih ke tab Salinan per µL dan masukkan volume sampel yang dilarutkan. Kalkulator membagi jumlah salinan total dari langkah 2 dengan volume tersebut.
4
Buat seri pengenceran qPCR
Pada tab Standar qPCR, tetapkan faktor pengenceran (10 adalah standar) dan sejumlah langkah untuk menghasilkan tabel pengenceran serial untuk kurva standar kuantifikasi absolut qPCR.
Massa dalam nanogram diubah menjadi gram, dikalikan dengan bilangan Avogadro (molekul per mol), dan dibagi dengan berat molekul total fragmen (panjang × massa rata-rata per pasangan basa). dsDNA menggunakan 660 g/mol per pasangan basa; ssDNA menggunakan 330 g/mol per basa, karena satu untai memiliki kira-kira setengah massa pasangan basa.
Salinan per mikroliter
copies/µL = total copies ÷ volume (µL)
Membagi jumlah salinan total dengan volume sampel yang dilarutkan menghasilkan konsentrasi dalam salinan per mikroliter — kurva standar unit qPCR biasanya dinyatakan dalam.
seri pengenceran serial qPCR
Cₙ = C₁ / factor^(n-1)
Dimulai dari konsentrasi salinan/µL (C₁) yang rapi (tidak diencerkan), setiap titik kurva standar yang berurutan diencerkan dengan faktor lipat yang sama — 10 kali lipat adalah standar, sehingga setiap titik memiliki konsentrasi satu log lebih rendah daripada yang terakhir.
📖
Glosarium
Penjelasan istilah penting
7 istilah▸
Jumlah total molekul DNA individu yang ada dalam suatu sampel, dihitung dari massanya dan berat molekul suatu molekul menggunakan bilangan Avogadro.
DNA beruntai ganda. Panjang diukur dalam pasangan basa (bp); kalkulator ini menggunakan massa rata-rata 660 g/mol per pasangan basa.
Dua nukleotida komplementer (AT atau G-C) bergabung pada dua untai DNA untai ganda – unit standar untuk mengukur panjang fragmen dsDNA.
Jumlah molekul dalam satu mol suatu zat, 6,022 × 10²³. Mengalikan mol DNA dengan konstanta ini menghasilkan jumlah total molekul.
Berat molekul rata-rata disumbangkan oleh satu pasangan basa (atau, untuk DNA beruntai tunggal, satu basa) — sekitar 660 g/mol untuk dsDNA dan 330 g/mol untuk ssDNA. Perkiraan urutan-independen ini merupakan standar dalam biologi molekuler, meskipun nilai pastinya sedikit berbeda tergantung komposisi basa.
PCR kuantitatif (waktu nyata) — teknik yang mengukur amplifikasi DNA yang terjadi, sering kali digunakan untuk menentukan jumlah salinan absolut dari rangkaian target dalam sampel yang tidak diketahui dengan membandingkannya dengan kurva standar pengenceran konsentrasi yang diketahui.
Molekul DNA kecil, melingkar, beruntai ganda, terpisah dari DNA kromosom, biasanya digunakan untuk membawa gen yang diinginkan dan sering digunakan untuk menyiapkan standar nomor salinan qPCR karena ukuran dan urutan pastinya diketahui.
👥
Skenario
Contoh dalam kehidupan nyata
3 contoh nyata▸
🧬
Mengukur persiapan plasmid
100 ng dari fragmen dsDNA 1.000 bp
Ketik dsDNAPanjangnya 1.000bpMassa 100ng
eksemplar = (100 × 10⁻⁹ × 6,022 × 10²³) / (1.000 × 660) ≈ 9,12 × 10¹⁰ eksemplar. Ini adalah jumlah total molekul dalam keseluruhan 100 ng sampel, sebelum memperhitungkan volume terlarutnya.
🧪
Konversi ke konsentrasi kerja
Sampel 100 ng yang sama, dilarutkan dalam 50 µL
Jumlah salinan ≈ 9,12 × 10¹⁰Volume 50 μL
salinan/µL = 9,12 × 10¹⁰ ÷ 50 ≈ 1,82 × 10⁹ salinan/µL. Konsentrasi inilah yang akan Anda masukkan ke dalam reaksi qPCR, atau gunakan sebagai titik rapi pada kurva standar.
🔢
Membangun kurva standar qPCR
Seri pengenceran 10 kali lipat, 7 poin, mulai dari 1,82 × 10⁹ salinan/µL
Konsentrasi yang rapi 1.82 × 10⁹ copies/µLFaktor pengenceran 10Langkah-langkah 7
Setiap langkah membagi konsentrasi sebelumnya dengan 10, berakhir pada ≈ 1,82 × 10³ salinan/µL pada titik 7 — sebaran enam log yang umum digunakan untuk membuat kurva standar qPCR yang andal.
🔗
Referensi
Sitasi kalkulator ini
APA & MLA▸
Gunakan salah satu format ini untuk menyitasi kalkulator dalam makalah, laporan, atau daftar sumber.
APA
MLA
📄
Ulasan mendalam
Dari Massa ke Molekul: Nomor Salinan DNA dan Standar qPCR
Kuantifikasi absolut dengan qPCR bergantung pada perbandingan sampel yang tidak diketahui dengan kurva standar jumlah molekul yang diketahui, bukan hanya massa yang diketahui. Mengubah massa fragmen DNA menjadi nomor salinan sebenarnya - dan kemudian menjadi rangkaian pengenceran - adalah perhitungan yang menjembatani pembacaan spektrofotometer atau Qubit ke kurva standar yang dapat digunakan.
Mengapa jumlah salinan lebih penting daripada jumlah salinan saja
▸
Dua sampel DNA dengan massa yang sama dapat mengandung jumlah molekul yang sangat berbeda jika panjang fragmennya berbeda — fragmen pendek berukuran 200 bp memiliki lebih banyak molekul per nanogram dibandingkan fragmen 10.000 bp dengan massa yang sama, karena setiap molekul memiliki berat lebih sedikit. Untuk kurva standar qPCR, yang penting adalah jumlah molekul sebenarnya (jumlah salinan), karena nilai Ct melacak berapa banyak salinan target yang ada, bukan berapa nanogram. Kalkulator ini mengubah massa dan panjang menjadi bilangan salinan menggunakan bilangan Avogadro, konstanta yang sama yang digunakan untuk konversi mol ke molekul dalam kimia.
Mengapa dsDNA dan ssDNA menggunakan massa rata-rata yang berbeda
▸
Panjang DNA untai ganda diukur berdasarkan pasangan basa, dimana setiap unit sudah mencakup kedua untai komplementer, sehingga perkiraan standar 660 g/mol per pasangan basa mencerminkan massa gabungan kedua untai. Panjang DNA untai tunggal diukur per basa individu, sehingga massa rata-ratanya (330 g/mol per basa) kira-kira setengah dari massa pasangan basa — yaitu massa yang setara dengan satu untai nukleotida. Menggunakan setelan keterpisahan yang salah untuk jenis sampel Anda akan menghasilkan jumlah salinan yang menyimpang kira-kira dua kali lipat.
Membangun seri pengenceran serial untuk kurva standar
▸
Kurva standar qPCR dibuat dengan memperkuat beberapa pengenceran dengan konsentrasi yang diketahui dari templat referensi — sering kali merupakan produk plasmid atau PCR yang dilinearisasi — dan memplot nilai Ctnya terhadap log (nomor salinan). Pengenceran serial 10 kali lipat pada 6–8 titik adalah pilihan konvensional, karena pengenceran ini mencakup beberapa kali lipat sekaligus menjaga jumlah reaksi tetap terkendali. Setelah Anda mengetahui konsentrasi tepat dalam salinan/µL, setiap standar berikutnya hanyalah standar sebelumnya yang diencerkan dengan faktor yang sama, dan inilah yang dihitung oleh tab Standar qPCR.
❓
Pertanyaan
Pertanyaan umum
6 pertanyaan▸
Rumus apa yang digunakan Kalkulator Nomor Salinan DNA?+
salinan = (massa dalam ng × 10⁻⁹ × bilangan Avogadro) / (panjang × massa rata-rata per bp atau basa). Bilangan Avogadro adalah 6,022 × 10²³ molekul per mol. dsDNA menggunakan 660 g/mol per pasangan basa; ssDNA menggunakan 330 g/mol per basa.
Berapa massa rata-rata per pasangan basa yang digunakan kalkulator ini, dan mengapa?+
660 g/mol per pasangan basa untuk dsDNA dan 330 g/mol per basa untuk ssDNA. Ini adalah perkiraan standar urutan-independen yang digunakan di seluruh biologi molekuler; nilai pasti untuk rangkaian nyata sedikit bervariasi (kira-kira 650–660 g/mol/bp) bergantung pada komposisi A/T/G/C yang tepat.
Mengapa saya memerlukan kurva standar qPCR?+
QPCR real-time mengukur siklus amplifikasi (nilai Ct), bukan menghitung jumlah molekul secara langsung. Untuk menentukan jumlah absolut salinan target dalam sampel yang tidak diketahui, Anda membandingkan nilai Ctnya dengan kurva standar yang dibuat dari pengenceran serial templat referensi dengan nomor salinan yang diketahui — yang merupakan hal yang membantu Anda membuat tab Standar qPCR.
Satuan apa yang digunakan hasilnya?+
Tab Nomor Salin melaporkan jumlah total molekul DNA (hitungan sederhana, ditampilkan dalam notasi ilmiah karena jumlahnya sangat besar). Tab Salinan per µL melaporkan jumlah yang sama dibagi volume sampel Anda, dalam salinan per mikroliter — satuan standar untuk konsentrasi kurva standar qPCR.
Apa perbedaan ssDNA dengan dsDNA di kalkulator ini?+
Pilih ssDNA jika sampel Anda beruntai tunggal (misalnya genom virus oligo sintetik atau ssDNA) dan masukkan panjangnya dalam basa, bukan pasangan basa. Kalkulator kemudian menggunakan 330 g/mol per basa, bukan 660 g/mol per pasangan basa, karena satu untai membawa kira-kira setengah massa pasangan basa.
Bagaimana cara mengubah jumlah salinan total saya menjadi salinan per µL?+
Masukkan volume pelarutan DNA Anda (dalam mikroliter) pada tab Salinan per µL. Kalkulator membagi jumlah salinan total dari tab Nomor Salinan dengan volume tersebut untuk memberikan konsentrasi dalam salinan/µL, yang kemudian dapat Anda bawa ke tab Standar qPCR.
📄
Simpan & bagikan
Dapatkan PDF hasil dengan merek Calculover
Unduh PDF satu halaman berisi hasil Anda. Masukkan alamat email untuk menerima kiat kalkulator sesekali. Tanpa spam, dan Anda dapat berhenti berlangganan kapan saja. Privasi.