La fréquence de mutation et le taux de mutation décrivent tous deux la présence de mutations dans une population, mais répondent à des questions légèrement différentes. Ce calculateur détermine les deux à partir de données simples — le nombre de mutants, l’effectif total et, facultativement, le nombre de générations — afin de vérifier rapidement si le nombre de mutants observé est attendu ou inhabituellement élevé.
Fonctionnement du calculateur
La fréquence de mutation est un rapport direct : le nombre de mutants recensés divisé par l’effectif total échantillonné (frequency = mutants / total). Elle décrit la population à un instant donné et ne tient pas compte du temps : une même fréquence peut être observée dans une culture à croissance rapide après quelques générations ou dans une culture à croissance lente après de nombreuses générations.
Le taux de mutation introduit le temps en divisant la fréquence par le nombre de générations traversées par la population (rate = frequency / generations). Cette méthode simplifie la probabilité réelle de mutation par génération. Une mutation apparue tôt dans la croissance est transmise à de nombreuses cellules descendantes, tandis qu’une mutation apparue lors de la dernière génération ne se retrouve que dans quelques cellules. Diviser par le nombre de générations tend donc à sous-estimer le taux des mutations anciennes et à surestimer celui des mutations récentes. Pour une estimation rigoureuse, les chercheurs ont recours au test de fluctuation de Luria-Delbrück ou à des estimateurs du maximum de vraisemblance (par exemple, la méthode de Ma-Sandri-Sarkar) appliqués à de nombreuses cultures parallèles.
Données à saisir et leur signification
Nombre de mutants — nombre d’individus, de cellules ou de colonies identifiés comme porteurs de la mutation, généralement grâce à un phénotype sélectionnable (résistance aux antibiotiques, besoin nutritionnel particulier, fluorescence, etc.).
Population totale — nombre total de cellules ou d’individus dans l’échantillon, la boîte ou la culture d’où proviennent les mutants. Cette valeur doit être supérieure au nombre de mutants.
Nombre de générations (onglet Taux uniquement) — nombre de divisions cellulaires ou de cycles de reproduction traversés par la population avant l’échantillonnage. Estimez-le à partir du temps de doublement et de la durée de culture, ou utilisez un décompte direct s’il a été suivi.
Limites et cas particuliers
Pour calculer le taux, ce calculateur utilise l’approximation simple fréquence divisée par nombre de générations. Elle convient à une estimation rapide, mais ne remplace pas un véritable test de fluctuation lorsque la précision est importante (par exemple, pour publier un taux de mutation). Le calcul suppose également qu’un seul type d’événement mutationnel uniforme est recensé : regrouper plusieurs types de mutations distincts dans un seul décompte de « mutants » sous-estimerait la rareté de chacune d’elles. Dans les populations très petites (moins de quelques centaines d’individus), les estimations sont imprécises, car un mutant en plus ou en moins modifie sensiblement le rapport. Des échantillons plus grands donnent des fréquences plus fiables.